與英國伯明罕中英格蘭大學（Birmingham City University）締結姊妹校。

一月

4日，頒贈教廷一心委員會主席高路德總主教榮譽文學博士學位。
31日，董事會決議，通過校長責任制與三副校長職為使命副校長、行政副校長及學術副校長，於91學年度起正式實施。

二月

楊敦和校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由民生學院院長李寧遠教授 繼任，為本校在臺復校第五位（任）校長。
全人教育課程中心成立。
22日，通過教育發展資金室提案在美國成立「輔仁大學基金會」（Fu Jen University Foundation）。

三月

與菲律賓德拉沙大學（De La Salle University-Dasmarias, Philippines）締結姊妹校。

四月

28日，頒贈前校長羅光總主教名譽文學博士學位。

六月

與與日本京都產業大學（Kyoto Sangyo University, Japan）締結姊妹校及日本東洋大學（Toyo University, Japan）締結姊妹校。

八月

新增設教育領導與發展研究所碩士班、財經法律學系碩士班，應用統計研究所碩士在職專班、資訊管理學系碩士在職專班、食品營養學系碩士在職專班及織品服裝學系碩士專班（分設織品服飾設計與文化研究組及織品服飾經營與消費研究組），新增設醫學系、資訊工程學系增班，應用心理學系更名為心理學系並由文學院改隸至理工學院；進修學士班首次辦理獨立招生。
總務處進行整合，由原3組（出納、事務、保管）擴增為5組（增設營繕、採購）。成立研究發展處納編學術交流室改名學術合作組及中西文化研究中心改名學術研究組。
成立法務室。
與西班牙馬德里大學、法國巴黎第四大學（Paris-Sorbonne University, Paris IV）分別締結姊妹校。

九月

與中國上海外國語大學、中國北京外國語大學及中國北京師範大學分別締結姊妹校。

十一月

與宏都拉斯天主教大學（Catholic University in Honduras）、美國聖道大學（University of the Incarnate Word,Texas, U.S.A.）、英國諾丁罕傳德大學（The Nottingham Trent University, U.K.）、美國聖路易斯大學（St.Louis University, U.S.A.）分別締結姊妹校。

十二月

新運動場試用祈福禮。
與韓國國立忠南大學（Chungnam National University）締結姊妹校。
與耕莘醫院簽合作契約書。

與澳門聖若瑟大學締結姊妹校。

一月

與美國天主教大學（The Catholic University of America, U.S.A.）締結姊妹校。
實習廣播電台「輔大之聲」開播啟用。

二月

醫學系解剖學實驗室整建工程完成。

三月

與美國夏威夷州立大學希羅分校（University of Hawaii at Hilo, U.S.A.）締結姊妹校。
9日，頒贈前中華奧林匹克委員會主席暨富都大飯店徐亨董事長名譽文學博士學位。
輔大耕莘診所揭幕典禮。

四月

于斌樞機百歲誕辰系列活動：出版《于斌樞機傳》等系列出版品及舉辦于斌樞機傳記者會、于斌樞機畫像揭幕典禮及,「于樞機教育理念與天主教大學使命研討會」以茲紀念。
與韓國釜山天主教大學（Catholic University of Pusan）及中國昆明理工大學分別締結姊妹校。

五月

與英國歐斯特大學（University of Ulster, U.K.）、菲律賓聖多瑪斯大學（University of Santo Tomas, Philippines）、日本福岡大學（Fukuoka University, Japan）、法國天主教高等研究學院（Institut Cathollique d’Etudes Superrieures, France）締結姊妹校。

七月

與澳門高等校際學校（Instituto Inter-Univeersitario de Macau）締結姊妹校。

八月

新增生活應用科學碩士班、護理學系碩士班，法律學系碩士在職專班、電子工程學系碩士在職專班、管理學研究所碩士在職專班、金融研究所碩士在職專班，原生物學系更名為生命科學系、原統計學系更名為統計資訊學系。
進修部修業年限由原來的5年改為4年。
成立科學與宗教研究中心及生物技術研發中心。
教務處招生企劃與推動中心成立。
與日本國立佐賀大學（Saga University）、香港浸會大學分別締結姊妹校。
辦理「2001第二屆亞洲青年日」。

九月

與中國華南理工大學締結姊妹校。
5日， 頒贈宗座醫療牧靈諮議會主席巴拉剛總主教（H.E. Archbishop Javier Lozano Barragán）名譽神學博士學位。
25日，輔仁大學基金會（Fu Jen University Foundation）在美國正式設立並獲得美國聯邦政府核准適用IRS, 501 (a) (3)免稅條款。

十月

與中國中山大學締結姊妹校。
23日，頒贈1982年諾貝爾醫學獎得主萬勞伯爵士（D. John Robert Vane）名譽理學博士學位、頒贈紐約醫學院藥理系馬基福教授（D. John C. McGiff）名譽理學博士學位。
學生事務處就業輔導組創立「輔仁大學親善大使團」。
成績列印投幣系統啟用典禮。

十一月

總統為褒揚前校長羅光總主教為中梵邦交的貢獻特頒贈二等景星勳章。
與中國北京大學、瓜地馬拉藍狄華大學（Universidad Rafael Landivar）及西班牙薩拉曼加大學（University of Salamanca）分別締結姊妹校。
8日，頒贈宏都拉斯羅德勵樞機主教（Card. Oscar Andrés Rodríguez Maradiaga, SDB）名譽神學博士學位。
生活系「Life Tea生活下午茶」開幕。

十二月

在台復校40週年系列活動；發行「于斌誕生百年紀念郵票」 、舉辦「永不止息的愛－基督宗教郵展」及於「校史論壇」完成兩岸校友確認「輔仁創辦於1925年」之宣示。
在台復校40週年校慶慶祝活動，陳水扁總統蒞校同慶。
成立「輔大新聞網」。

一月

與英國瑟塞克斯大學（University of Sussex, UK）締結姊妹校、 與馬來西亞韓新傳播學院（Hanxing Academy of Journalism ＆ Communication）簽訂雙聯學制合作協議。

二月

與中國武漢大學、澳洲天主教大學（Australian Catholic University）分別締結姊妹校。
27日，以(91)輔校秘(4)字第91020474號函將「本校創辦於1925（民14）年及於1961（民50）年在臺復校共識宣示文」呈報教育部。

三月

8日，教育部以台(91)高(4)字第91029741號函回復，請本校自行核處「本校創辦於1925（民14）年及於1961（民50）年在臺復校共識宣示文」。

四月

23日，頒贈韓國外國語大學韓弘淳教授（D. Thomas Han Hong-Soon）名譽法學博士學位。
嘉義市輔仁大學校友會成立大會。

五月

11日，頒贈本篤會孟樹人神父（John F. Murtha, OSB）名譽文學博士學位。

六月

與馬來西亞韓江學院（Kolej Han Chiang College）簽訂雙聯學制合作協議。

七月

董事長單國璽樞機主教獲選為「中華民國私立學校第二屆十大傑出教育事業家」。

八月

因應三單位整合，建立校長責任制。由原三單位產生三位副校長的方式，改為由校長提名：使命副校長由詹德隆神父擔任、學術副校長由丘志威教授擔任、行政副校長由周善行教授擔任。
新增商學研究所博士班、應用科學與工程研究所博士班、景觀設計學系碩士班、博物館學研究所碩士班、應用美術學系碩士班及會計學系碩士班，教育領導與發展研究所碩士在職專班、體育學系碩士在職專班、宗教學系碩士在職專班、音樂學系碩士在職專班、翻譯學研究所碩士在職專班，進修部國際貿易與金融學系進修學士班增班、物理學系分組增班（分為物理組及光電物理組）、生活應用科學系之兒童與家庭組及餐飲管理組（含碩士班）分組獨立為兒童與家庭學系（含碩士班）及餐旅管理學系（含碩士班）2學系。
成立「華裔學志漢學研究中心」。
成立校牧室；各院宗教輔導室因應全校整合名稱改為中國聖職（文藝）使命特色發展室、聖言會（理外民）使命特色發展室與耶穌會（法管社醫）使命特色發展室。
原資訊中心、理外民電算中心、法管電算中心、文學院電腦室及醫學院電腦室5個資訊單位整合為資訊中心，依功能分組為：系統發展組、電子化系統組、教學支援組、網路管理組及行政管理組。
全校統一會計系統開始正式運作。
與澳洲聖母大學（The University of Notre Dame）締結姊妹校。

十月

與巴西利亞天主教大學（Universidade Catolica De Brasilia, Brazil）、澳門理工學院（Instituto Politecnico de Macau）、澳門大學（University of Macau）締結姊妹校。
11日，頒贈哥斯大黎加共和國白契科總統（D. Abel Pacheco de la Espriella）名譽法學博士學位。

十一月

與比利時法語達文西高等學校（Haute Ecole Leonard de Vinci）、美國知識系統學院（Knowledge Systems Institute）及中國傳媒大學締結姊妹校。

十二月

與加拿大宗座中世紀研究院（Pontifical Institute of Mediaeval Studies）締結姊妹校。
發行「十大校景」個人化郵票，首開國內大學校景成為郵票主題之先例。

與法國保羅賽尚艾克斯馬賽第三大學（Paul Cezanne University, Aix Marseille III）締結姊妹校。

一月

成立輔仁大學行政資訊化推動小組。
與中國上海體育學院、中國上海財經大學分別締結姊妹校。

二月

27日，頒贈教廷教育部部長高澤農樞機主教（H.E. Cardinal Zenon Grocholewski）名譽法學博士學位。
與中國上海復旦大學締結姊妹校。

三月

11日，頒贈雕塑大師朱銘先生名譽藝術博士學位。
與韓國祥明大學（Sangmyung University）、美國底特律默西大學（University of Detroit Mercy）與伊莉沙白大學、奧勒岡州立大學（Oregon State University）分別締結姊妹校。
資訊中心電子化系統組協助完成人事室之簽到退查詢系統建置，並正式上線使用。

六月

14日，因應SARS疫情之控制，首次將畢業典禮移至戶外舉行。

七月

20日，頒贈再興中學校長朱秀榮先生名譽哲學博士學位。

八月

新設法律學院（原法學院法律學系所及財經法律學系所改隸之），原法學院更名為社會科學院（原法學院社會學系、社會工作學系所、經濟學系所、宗教學系所）；新增音樂學系博士班、宗教學系博士班、公共衛生學系碩士班、心理復健學系碩士班、資訊工程學系碩士在職專班、心理學系碩士在職專班、兒童與家庭學系碩士在職專班、管理學程碩士在職專班及會計學系碩士在職專班、進修部學士後法律學系；體育學系分組（體育學組、運動競技組及運動健康管理組）；生命科學系增為2班；織品服裝學系碩士在職專班取消學籍分組。
會計室組織分設歲計組及會計組。
中國天主教文物館獲台北縣文化局支持於本校週邊重要縣道設置指示標示牌。

九月

董事王愈榮主教獲選為「中華民國私立學校第三屆十大傑出教育事業家」，董事長單國璽樞機主教獲頒「中華民國私立教育事業協會全國十大傑出優良教師弘道獎」。
19日，頒贈義大利國會眾議院外交委員會主席賽爾瓦議員（D. Gustavo Selva）名譽法學博士學位。
與美國夏威夷大學麻諾亞分校（University of Hawaii at Manoa）締結姊妹校。
輔大校友總會成立大會。

十月

23日，名譽董事長蔣夫人宋美齡女士逝世。
29日，舉辦名譽董事長蔣夫人宋美齡女士追思彌撒。

十一月

6日，頒贈美國勞工部部長趙小蘭女士名譽法學博士學位。

十二月

輔仁大學在新莊復校40週年系列活動。
2日，頒贈東森媒體集團總裁王令麟先生名譽商學博士學位。
與法國艾克斯馬賽法律經濟科學大學（L’universite de droit, D’economie et des sciences D’aix-marseille）及日本藤女子大學（Fuji Women’s University）締結姊妹校。
成立輔仁大學澳門校友會。

一月

教廷督導狄剛總主教榮退。

二月

李寧遠校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由文學院黎建球教授繼任，為本校在臺復校第六位(任)校長。
5日，頒贈歐洲聯盟執委會文教執委蕾汀女士（Dr. Viviane Reding）名譽文學博士學位。
28日，第二任校長羅光總主教逝世。

三月

鄭再發總主教繼任任輔大教廷督導。
5日，頒贈前駐教廷大使戴瑞明先生名譽法學博士學位。

四月

與義大利佩魯賈外國人大學（Università per Stranieri di Perugia, Italy）締結姐妹校。

五月

輔仁大學奧地利校友會正式成立。

六月

成立輔仁大學馬來西亞校友會。

七月

雲林縣輔仁大學校友會成立大會。

八月

新增職能治療學系學士班、社會學系碩士班、管理學院國際創業與經營管理學程碩士在職專班及護理學系夜間二年制在職專班；心理復健學系更名為「臨床心理學系」；心理學系碩士在職專班停招。
研究發展處「學術合作組」更名為「國際學術交流中心」，試行一年。 
原公共關係暨校友聯繫室、教育發展資金室及益世評論組織整併成立公共事務室；公共事務室創刊《輔大紀事報》。
日夜學生輔導中心整合。

十月

與法國巴黎第三大學（Universite Paris III Sorbonne Nouvelle, France）締結姐妹校。